Setsuna Mudo (un lycéen) est en train de se battre tout seul contre quatre types pendant que Kira Sakuya (son meilleur ami) lit tranquillement son bouquin . Mais Setsuna voit du sang ce qui le paralyse complètement, Kira est alors obligé d'abandonner sa lecture pour empêcher son pote de se faire démolir .
Setsuna ( qui a encore du mal à tenir debout tout seul ) et Kira , qui le soutient , rencontrent Sara Mudo (soeur de Sersuna) furieuse de voir que son frère qui en plus d'avoir oublié qu'ils devaient se voir , s'est encore battu . Sara présente alors sa meilleur amie : Ruri . Setsuna qui dit toujours ce qu'il pense ( que ce soit sympathique ou pas ) s'adresse à Ruri et lui dit qu'elle est " vraiment moche " . La jeune fille terriblement honteuse s'enfuit sans en demander plus . Sara , très énervée par l'attitude de son frère , a la ferme intention de lui dire ce qu'elle pense . Kira les laisse se disputer tranquillement .
Sara et Setsuna discutent , à un moment la jeune fille trébuche et tombe dans les bras de son frère ce qui le gène énormément .

Ruri qui s'est encore faîte embêtée par ses camarades de classe rentre chez elle à pied. Elle est alors accostée par un homme ( Katan ) qui lui offre une disquette du jeu Angel Sanctuary et commence à lui parler d'un être du nom de Rochel , mais Setsuna intervient et emmène Ruri ( qui dans la confusion a perdu ses lunettes ) loin de là . Setsuna toujours sincère lui dit qu'elle est plutôt mignonne . Ruri est rouge de confusion.

De retour chez elle , Ruri essaye le jeu Angel Sanctuary sur son ordinateur , elle fait alors la connaissance d'un ange qui lui promet d'exaucer tout ses souhaits .
Le lendemain Ruri demande à Sara si elle veut bien lui organiser un rendez-vous avec Setsuna , elle accepte à contre-coeur . Il se retrouvent alors tous les trois dans une chapelle .
Ils sont observés par Katan , mais Kourai et Arachnée sont également présentes . La maîtresse des Dragons lance une attaque contre le chérubins mais celui-ci préfère éviter l'affrontement et prend la fuite . La boule d'énergie de Kourai , ayant raté sa cible , se dirige droit sur la chapelle . Setsuna protège se soeur en utilisant inconsciemment son pouvoir astral . Kourai témoin de cette action comprend qu'il est est bien la réincarnation d'Alexiel et lui saute au cou . Mais elle se rend compte que c'est un corps masculin qui abrite l'âme de l'ange organique, ce qui la met en rogne . Setsuna et Sara se rendent alors compte que Ruri a été gravement blessée .

Ruri suite à l'accident est devenu aveugle, elle en veut énormément à Sara car Setsuna a préféré protéger sa soeur plutôt qu'elle. C'est alors que Rochel , par le biais de l'ordinateur , propose à Ruri de la débarrasser de sa rivale , ce qu'elle accepte .

Kourai est fermement décider à provoquer le réveil de l'âme d'Alexiel .

Aprés ses cours Setsuna va chercher une fiche d'état civil afin de confirmer qu'il est bien le frère de sang de Sara . Il ne comprend pas comment il peut éprouver de l'attirance alors qu'elle est sa soeur . Afin de la protéger il décide de ne plus la revoir . Mais au moment où il se remet en route il croise Sara qui lui explique qu'elle est allée voir Ruri et que cette dernière refuse catégoriquement de la voir .
Setsuna rentre seul , il réussit à éviter de justesse un boule de métal qui avait été envoyé par Kourai . Elle lui raconte alors qui été Alexiel mais Setsuna n'admet toujours pas  être un ange et continue son chemin .
Kourai continue de pester c'est alors que la boule de métal se brise comme du verre . Setsuna discute avec Kira , celui-ci essaye de faire prendre conscience à Setsuna qu'il devrait accepter les sentiments qu'il a pour sa soeur . Ils sont alors interrompus par un élève qui leur apprend qu'un lycéen est mort à cause du jeu Angel Sanctuary , Setsuna se souvient alors de la disquette que Katan avait donné à Ruri et décide de se rendre chez elle .
Katan entame la cérémonie afin de libérer son maître . Ruri recouvre alors la vue et Rochel apparaît devant elle . L'ange inorganique absorbe l'énergie vitale de la jeune fille et l'emprisonne à l'intérieur de l'ordinateur .
Sestuna entre alors dans la chambre et prononce spontanément le nom de Rochel . Celui-ci aprés avoir fait son petit baratin projette Setsuna hors de la chambre . Sara et les parents de Ruri arrivent sur les lieux , c'est Rochel , qui a prit l'apparence de Ruri ,qui leur répond .

Setsuna essaye de faire abstraction de ce qu'il a vu et décide de raccompagner Sara . Ils sont alors attaqués par des voyous Setsuna se lance dans le combat afin de protéger sa soeur , qui l'arrête de justesse avant qu'il ne les tue .
Alors que Setsuna et Sara arrivent devant chez elle leur mère qui attendait sa fille la fait rentre immédiatement sans même adresser la parole à Setsuna .

Pendant ce temps Katan retrouve son maître . Il lui explique que même si il est heureux de l'avoir libérer il s'en veut d'avoir tué tant d'humains pour briser les scellés de la Geôle de Châtiments . Rochel lui parle alors alors de Setsuna et d'Alexiel .Rochel sous l'apparence de Ruri transforme un des membres de la bande de Kira en golem . Le lendemain l'ange inorganique toujours sous l'apparence de Ruri propose à Sara d'aller se promener parés les cours .
En rentrant Setsuna découvre un message lui disant de se rendre dans la vielle usine désaffectée , il comprend immédiatement que Sara est en danger et se précipite à son secours . Kira puis Kourai l'aperçoivent .
Setsuna arrive sur les lieux et voit Sara ligotée à une chaise Rochel sous l'apparence de Ruri arrive sur les lieux . Setsuna attaque un type qui l'accompagne mais celui-ci se transforme et s'en prend à lui . Kourai qui est a assisté à la scène s'apprête à intervenir mais Arachnée l'arrête lui expliquant ce combat va peut-être réveiller Alexiel .
Mais Setsuna ne réagit pas , Rochel comprend alors que c'est à cause des liens qui l'unissent à soeur Sara . Afin de provoquer Alexiel il décide de s'en prendre à la jeune fille mais Setsuna s'énerve et provoque ainsi l'apparition d'un ange à six ailes , Adam Kadamon . Rochel est obligé de prendre la fuite , il ne comprend pas comment l'ermite sacré a pu intervenir . Adam Kadamon soigne Setsuna puis disparaît . Le jeune se réveille et trouve à ses côtés Kourai et Arachnée . Refusant de les écouter il libère Sara qui s'est évanouit et décide de rentrer chez lui . Mais Kourai ne l'entend pas de cette oreille elle lui raconte son histoire , comment son peuple a été lâchement exterminé par des anges sans aucune conscience et comment Alexiel l'a sauvé et l'a protégée . Setsuna réfléchit alors à haute voit et demande à Kourai de ne pas lui en vouloir et il s'en va. Rochel sous l'apparence de Ruri transforme un des membres de la bande de Kira en golem . Le lendemain l'ange inorganique toujours sous l'apparence de Ruri propose à Sara d'aller se promener parés les cours .

Pendant ce temps Setsuna qui a ramener sa soeur chez elle se remémoré des moments de sa vie le concernant lui , sa famille et Kira . Puis alors que Sara est encore endormie , il se penche sur elle et l'embrasse . Leur mère entre alors dans la pièce , furieuse elle le roue de coups Sara intervient et les arrêtes . Elle dit alors qu'elle aime Setsuna essaye de la convaincre que ses sentiment ne sont pas réciproque , Setsuna le coeur brisé lui dit qu'il en l'aime pas . Sara en larme s'enferme dans sa chambre , Setsuna voudrait la consoler mais sa mère s'interpose . Furieux il lui dit alors qu'il ne viendra plus voir sa soeur mais que c'est uniquement pour la protéger .

Setsuna attend Kira , il se confie à son meilleur ami qui essaye de le réconforter et de lui donner des conseils . A la fin de la discussion Kira offre à Setsuna un pendentif , puis rentre chez lui .
Rochel apparaît et dit alors à Kira que si il décide de prendre définitivement le parti d'Alexiel il le paieras très cher .

Sara reçoit la visite de Rochel sous l'apparence de Ruri et essaye de la tuer mais Katan intervient et permet ainsi à Sara d'avoir la vie sauve . Rochel tente alors de faire avaler une de ses pilule à Katan qui refuse . Furieux de voir que son serviteur s'oppose à lui , Rochel envoie un rafale d'énergie sur Katan qui s'écroule blessé , ce dernier ne comprend pas comment son maître a pu changer à un tel point .